藥學院現擁有中藥學博士授權點、省部共建教育部新安醫(yī)學重點實驗室，建有安徽省院士工作站，成為國家中藥類實驗教學示范中心，是國家中藥現代化科技產業(yè)基地(安徽)、國家基本藥物所需中藥材種子種苗繁育基地建設單位，安徽道地中藥材品質提升協同創(chuàng)新中心牽頭單位。制藥工程專業(yè)是我校在全國開辦最早的培養(yǎng)制藥工程高級技術人才的專業(yè)。培養(yǎng)具備醫(yī)藥學、制藥工程學等方面的基本理論、基本知識與技能，能在醫(yī)藥、生物化工等部門從事醫(yī)藥產品的生產、科技開發(fā)、應用研究和管理等方面的工程技術人才。

高等數學、大學物理學、有機化學、分析化學、物理化學、藥用基礎實驗化學、醫(yī)藥學基礎、工程制圖、化工原理、藥物化學、藥物合成反應、工業(yè)藥劑學、天然藥物化學、制藥工藝學、工程制圖、化工原理、制藥工程自動控制、制藥設備與車間工藝設計、中藥工程學、藥事管理與法規(guī)、馬克思主義哲學原理、英語、計算機等。

1、按照教育部、衛(wèi)生部、中國殘疾人聯合會印發(fā)的《普通高等學校招生體檢工作指導意見》執(zhí)行，除“意見”中規(guī)定的六類疾病不予錄取外，特別需要提出的是，學校醫(yī)藥類專業(yè)不錄取色盲、色弱的考生。

2、醫(yī)學部只招收理科考生，根據各省(自治區(qū)、直轄市)生源情況確定錄取提檔比例，提檔比例控制在招生計劃數的120%以內。

3、鑒于醫(yī)藥學類專業(yè)的培養(yǎng)要求和就業(yè)特點，學校建議殘疾學生、傳染性疾病者慎報。

制藥工程專業(yè)培養(yǎng)以化學、藥學、工程學為基礎，掌握化學合成藥物和天然藥物制備、生產和研究的基本理論、基本知識、基本操作技能，具有從事化學合成藥物和天然藥物生產工藝研究、生產過程及質量控制的能力，能夠在各類化學合成制藥廠、中藥制藥廠、高等院校、藥物研究院(所)，以及各級衛(wèi)生政部門從事藥品生產、研制及管理的制藥專門人才。

學生畢業(yè)后能到醫(yī)藥、農藥、生物工程和精細化工等部門和領域從事醫(yī)藥產品的生產、藥物檢驗、科技開發(fā)、應用研究、經營管理及教學工作。畢業(yè)生也可以繼續(xù)攻讀制藥工程、生物工程、海洋科學、藥學與化學工程等碩士學位，從事高等學校和科研單位的教學科研工作。以及制藥工程專業(yè)畢業(yè)生可繼續(xù)攻讀藥學、醫(yī)學及相關專業(yè)的碩士學位，或到與醫(yī)藥衛(wèi)生相關的單位及部門從事中藥、化學及生物藥品的生產、工程設計、新藥的研制與開發(fā)等科研、教學、市場營銷及管理工作。