學校堅持自主創(chuàng)新，科學研究能力和水平不斷提升，“十二五”以來，牽頭承擔國家科技重大專項、國家重大科研儀器設(shè)備研制專項、國家重大科學研究計劃項目、國家重點研發(fā)計劃項目、國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃（973計劃）項目、國家高技術(shù)研究發(fā)展計劃（863計劃）項目、國家科技支撐計劃項目、教育部新世紀優(yōu)秀人才項目、國家自然科學基金項目等960余項。獲各類科技成果獎勵120余項，其中國家科技進步二等獎3項，重慶市科學技術(shù)獎、中華醫(yī)學科技獎等省部級以上獎勵60余項。學校獨立研制的高強度聚焦超聲腫瘤治療系統(tǒng)（海扶刀）屬世界首創(chuàng)，是我國第一臺具有完全自主知識產(chǎn)權(quán)的大型醫(yī)療設(shè)備。

學?，F(xiàn)有國家級、省部級研究機構(gòu)44個，其中國家工程研究中心1個、國家生物產(chǎn)業(yè)基地實驗動物中心1個、國家級國際科技合作基地1個、教育部重點實驗室3個、教育部國際合作聯(lián)合實驗室1個、省部共建國家重點實驗室培育基地1個、省級工程研究中心5個，省級重點實驗室23個，重慶市國際科技合作基地1個、重慶市臨床醫(yī)學研究中心6個、省級人文社科基地1個。另設(shè)有省級“海外高層次人才創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)基地”和“院士專家工作站”。

學校積極開展國內(nèi)外交流合作。近年來，學校與歐洲、亞洲、北美洲、大洋洲的20個國家和地區(qū)的44所教育或醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)建立了合作關(guān)系，其中包括美國達特茅斯學院、加拿大不列顛哥倫比亞大學、英國倫敦大學學院等國際名校，廣泛開展師生交流和國際科研合作。同時，與復(fù)旦大學、華中科技大學等“雙一流”建設(shè)高校開展長學制醫(yī)學生的聯(lián)合培養(yǎng)。

學?，F(xiàn)有直屬附屬醫(yī)院9所（綜合性醫(yī)院5所，兒童醫(yī)院、口腔醫(yī)院、康復(fù)醫(yī)院、中醫(yī)院各1所）。附屬第一醫(yī)院、附屬兒童醫(yī)院、附屬第二醫(yī)院連續(xù)6年入選“中國最佳醫(yī)院排行榜”百強（復(fù)旦大學醫(yī)院管理研究所發(fā)布），2020年分別排名第52位、第58位、第93位。各直屬附屬醫(yī)院共擁有國家臨床重點?？?8個，編制床位11000余張，年門診量1035萬人次，年收治住院病人40萬人次。此外，學校還有20所非直屬附屬醫(yī)院和30所教學醫(yī)院，分布在重慶、四川及深圳等地。