內(nèi)蒙古醫(yī)科大學設有臨床醫(yī)學、中醫(yī)學、藥學、蒙醫(yī)學、中藥學、護理學、影像醫(yī)學與核醫(yī)學、口腔醫(yī)學、麻醉學、藥物制劑技術等13個專業(yè)為自治區(qū)品牌專業(yè)；組織學和胚胎學、病理解剖學、藥用植物學和生藥學、藥理學、病理生理學、中醫(yī)診斷學、生物化學、兒科學、外科學、蒙醫(yī)診斷學、天然藥物化學、基礎護理學、診斷學、醫(yī)學遺傳學、蒙醫(yī)療術學、藥物分析、護理學基礎、中醫(yī)內(nèi)科學、藥物化學、影像醫(yī)學與核醫(yī)學、社區(qū)護理學、人體解剖學、口腔頜面外科學、蒙醫(yī)方劑學等40門課程為自治區(qū)精品課程。學?，F(xiàn)有全日制在校生15450人。其中，本科生11185人、?？粕?165人、研究生1922人、留學生108人，民族預科生70人，本科各專業(yè)面向國內(nèi)28個省、市、自治區(qū)招生。

　　學校自1956年開始招收本科生，1978年開始招收研究生，1981年獲得碩士學位授權資格，1999年獲得同等學力人員申請碩士學位的授權資格，2003年成為臨床醫(yī)學碩士專業(yè)學位培養(yǎng)單位，2009年成為口腔醫(yī)學碩士專業(yè)學位培養(yǎng)單位。2020年中藥學、口腔醫(yī)學通過國務院學位委員會授權點專項評估。從2005年起，先后與北京中醫(yī)藥大學、首都醫(yī)科大學、天津中醫(yī)藥大學聯(lián)合培養(yǎng)蒙醫(yī)學、中西醫(yī)結(jié)合、中醫(yī)內(nèi)科學、影像醫(yī)學與核醫(yī)學、外科學、細胞生物學、中藥學等7個學科的博士研究生。2009年，學校被內(nèi)蒙古自治區(qū)人民政府確定為自治區(qū)博士學位授權立項建設單位。建立了能夠同時培養(yǎng)本科生、碩士生、博士生層次齊全的民族醫(yī)學高等教育體系，形成了現(xiàn)代醫(yī)藥學、中醫(yī)藥學、蒙醫(yī)藥學高等教育“三位一體”的辦學特色。學?，F(xiàn)有6個一級學科、47個二級學科碩士學位授權點、6個專業(yè)學位類別、32個本科專業(yè)。其中，基礎醫(yī)學、臨床醫(yī)學、中醫(yī)學、藥學、中藥學、護理學6個碩士學位授權學科為一級學科。本科專業(yè)中，蒙醫(yī)學、中藥學和蒙藥學被教育部評為高等學校特色專業(yè)；蒙醫(yī)學專業(yè)被教育部批準為“地方高校第一批本科專業(yè)綜合改革試點”項目。