學(xué)校堅(jiān)持自主創(chuàng)新，科學(xué)研究能力和水平不斷提升，“十二五”以來(lái)，牽頭承擔(dān)國(guó)家科技重大專(zhuān)項(xiàng)、國(guó)家重大科研儀器設(shè)備研制專(zhuān)項(xiàng)、國(guó)家重大科學(xué)研究計(jì)劃項(xiàng)目、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃項(xiàng)目、國(guó)家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究發(fā)展計(jì)劃（973計(jì)劃）項(xiàng)目、國(guó)家高技術(shù)研究發(fā)展計(jì)劃（863計(jì)劃）項(xiàng)目、國(guó)家科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目、教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才項(xiàng)目、國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目等960余項(xiàng)。獲各類(lèi)科技成果獎(jiǎng)勵(lì)120余項(xiàng)，其中國(guó)家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)3項(xiàng)，重慶市科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)、中華醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)等省部級(jí)以上獎(jiǎng)勵(lì)60余項(xiàng)。學(xué)校獨(dú)立研制的高強(qiáng)度聚焦超聲腫瘤治療系統(tǒng)（海扶刀）屬世界首創(chuàng)，是我國(guó)第一臺(tái)具有完全自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的大型醫(yī)療設(shè)備。

學(xué)校現(xiàn)有國(guó)家級(jí)、省部級(jí)研究機(jī)構(gòu)44個(gè)，其中國(guó)家工程研究中心1個(gè)、國(guó)家生物產(chǎn)業(yè)基地實(shí)驗(yàn)動(dòng)物中心1個(gè)、國(guó)家級(jí)國(guó)際科技合作基地1個(gè)、教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室3個(gè)、教育部國(guó)際合作聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室1個(gè)、省部共建國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室培育基地1個(gè)、省級(jí)工程研究中心5個(gè)，省級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室23個(gè)，重慶市國(guó)際科技合作基地1個(gè)、重慶市臨床醫(yī)學(xué)研究中心6個(gè)、省級(jí)人文社科基地1個(gè)。另設(shè)有省級(jí)“海外高層次人才創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)基地”和“院士專(zhuān)家工作站”。

學(xué)校積極開(kāi)展國(guó)內(nèi)外交流合作。近年來(lái)，學(xué)校與歐洲、亞洲、北美洲、大洋洲的20個(gè)國(guó)家和地區(qū)的44所教育或醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)建立了合作關(guān)系，其中包括美國(guó)達(dá)特茅斯學(xué)院、加拿大不列顛哥倫比亞大學(xué)、英國(guó)倫敦大學(xué)學(xué)院等國(guó)際名校，廣泛開(kāi)展師生交流和國(guó)際科研合作。同時(shí)，與復(fù)旦大學(xué)、華中科技大學(xué)等“雙一流”建設(shè)高校開(kāi)展長(zhǎng)學(xué)制醫(yī)學(xué)生的聯(lián)合培養(yǎng)。

學(xué)校現(xiàn)有直屬附屬醫(yī)院9所（綜合性醫(yī)院5所，兒童醫(yī)院、口腔醫(yī)院、康復(fù)醫(yī)院、中醫(yī)院各1所）。附屬第一醫(yī)院、附屬兒童醫(yī)院、附屬第二醫(yī)院連續(xù)6年入選“中國(guó)最佳醫(yī)院排行榜”百?gòu)?qiáng)（復(fù)旦大學(xué)醫(yī)院管理研究所發(fā)布），2020年分別排名第52位、第58位、第93位。各直屬附屬醫(yī)院共擁有國(guó)家臨床重點(diǎn)專(zhuān)科28個(gè)，編制床位11000余張，年門(mén)診量1035萬(wàn)人次，年收治住院病人40萬(wàn)人次。此外，學(xué)校還有20所非直屬附屬醫(yī)院和30所教學(xué)醫(yī)院，分布在重慶、四川及深圳等地。