2003年5月26日，經(jīng)教育部批準(zhǔn)，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院正式創(chuàng)辦。2003年9月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院迎來首批7個系、9個專業(yè)的458名新生。廈門大學(xué)校長、嘉庚學(xué)院董事長朱崇實蒞臨嘉庚學(xué)院指導(dǎo)迎新工作。僅4年后，嘉庚學(xué)院就發(fā)展成為一個萬人學(xué)府。2003年11月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院首次舉行院長與學(xué)生對話會，院長與學(xué)生“親密接觸”，為學(xué)生答疑解惑。院長與學(xué)生對話會已經(jīng)成為嘉庚學(xué)院頗具特色的常規(guī)活動。2005年6月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院在福建省首開先河，舉辦“校園開放日”。每年6月的第三個周末舉辦“校園開放日”是嘉庚學(xué)院的傳統(tǒng)。2005年6月，中國獨立學(xué)院協(xié)作會成立，嘉庚學(xué)院被推選為副理事長單位。2005年7月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院與英國赫爾大學(xué)（University of Hull）簽訂合作協(xié)議。這是嘉庚學(xué)院首次與海外高校正式合作，由此拉開了學(xué)校國際化辦學(xué)的序幕。2007年1月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院在國際商學(xué)院開設(shè)國際班，實施純英文教學(xué)。國際班是嘉庚學(xué)院因材施教、實施個性化教育的一個范例。2007年7月，王瑞芳院長當(dāng)選全國高等學(xué)校教學(xué)研究會獨立學(xué)院專門委員會執(zhí)行主任，戴一峰副院長當(dāng)選專門委員會委員。2007年12月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院全面啟動人才培養(yǎng)方案的修訂工作以及教學(xué)大綱的數(shù)據(jù)庫建設(shè)，并編寫各學(xué)科專業(yè)修讀指南，強力推進(jìn)教學(xué)改革。2008年2月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院改革體育教學(xué)模式，實施體育教學(xué)俱樂部制。2008年6月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院首次啟動實踐教學(xué)周，實踐教學(xué)周被安排在每個學(xué)年的最后兩周，以強化對學(xué)生實踐能力的培養(yǎng)。2009年3月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院首次參評福建省教學(xué)質(zhì)量與教學(xué)改革工程建設(shè)項目，成功獲評7個省級項目，居全省獨立學(xué)院之首。2009年4月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院首次召開實踐教學(xué)工作總結(jié)與經(jīng)驗交流大會，強力推進(jìn)實踐教學(xué)。實踐教學(xué)是嘉庚學(xué)院教學(xué)改革與創(chuàng)新的突破口，是嘉庚學(xué)院辦學(xué)的一大特色。2010年7月，廈門大學(xué)“傾聽信任——校長有約”活動走進(jìn)嘉庚學(xué)院。廈門大學(xué)校長、嘉庚學(xué)院董事長朱崇實與嘉庚學(xué)子進(jìn)行了開誠布公的交流。2010年7月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院被中國獨立學(xué)院協(xié)作會授予“全國先進(jìn)獨立學(xué)院”稱號。2011年11月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院順利通過學(xué)士學(xué)位授權(quán)評審，被增列為學(xué)士學(xué)位授權(quán)單位，36個專業(yè)增列為授權(quán)專業(yè)。2011年12月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院問鼎“2011中國最具品牌價值獨立學(xué)院”排行榜榜首。2012年，嘉庚學(xué)院再次蟬聯(lián)該排行榜榜首。2012年3月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院成立創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)教育孵化中心。該中心從籌建之初就與美國密蘇里大學(xué)堪薩斯城分校亨利布勞克管理學(xué)院（UMKC Henry W.Bloch School of Management）密切合作，致力于培養(yǎng)傳承嘉庚精神的未來企業(yè)家。2012年3月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院在全國獨立學(xué)院中率先成立教師發(fā)展中心。2012年6月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院首次自授學(xué)位，由之前的授予廈門大學(xué)學(xué)士學(xué)位改為授予廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院學(xué)士學(xué)位。2013年3月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院獲得福建省“語言文字規(guī)范示范?！狈Q號。2013年4月，廈門大學(xué)漳州校區(qū)陳嘉庚先生銅像落成。2013年10月20日，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院慶祝建校10周年，4200多名校友（占校友總數(shù)的四分之一）從全球各地匯聚嘉庚學(xué)院。校慶當(dāng)天，占地約4萬平方米的水上音樂廣場正式啟用。2013年3月29日，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院與荷蘭溫德斯海姆應(yīng)用科學(xué)大學(xué)（Windesheim University of Applied Sciences）簽訂了免費交流生項目合作協(xié)議。根據(jù)協(xié)議，雙方學(xué)生可以到對方學(xué)校免費學(xué)習(xí)一學(xué)期的課程。2014年12月3日，主題為“精品連接未來”的2014“回響中國”騰訊網(wǎng)教育年度盛典在北京舉行。在這次盛典的教育產(chǎn)業(yè)價值榜評選中，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院榮登最具知名度獨立學(xué)院榜首。2014年9月，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院與廈門大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)的首批碩士研究生入學(xué)，共計9個專業(yè)24名碩士生。這24名聯(lián)培生將與廈門大學(xué)同期錄取的同類同專業(yè)（方向）研究生實施同樣的人才培養(yǎng)方案，學(xué)成畢業(yè)時，由廈門大學(xué)頒發(fā)畢業(yè)證書和學(xué)位證書。2015年4月2日，廈門大學(xué)嘉庚學(xué)院幼兒園（廈門大學(xué)幼兒園漳州校區(qū)分園）順利竣工，落成揭牌。幼兒園項目是嘉庚學(xué)院一項重要的民生工程，參照省級示范園的標(biāo)準(zhǔn)建設(shè)，占地約1.5萬平方米，總造價2800萬元，規(guī)劃16個班，可容納近500名兒童。